باهدف تحقق شعار «ارتقای سطح پژوهشی طلاب» و هم‌سویی پژوهش‌های علمی با نیازهای واقعی جامعه و به‌منظور تسهیل و تسریع در روند انتخاب موضوع پایان‌نامه سطح سه و فرایند تصویب خواهی آن، بانک موضوعات پایان‌نامه سطح سه در چهار رشته "فقه و اصول با ۴۹۲ موضوع"، "تفسیر و علوم قرآنی با ۱۰۶ موضوع"، "اخلاق و تربیت اسلامی با 150 موضوع" و "تاریخ اسلام با ۱۰۰ موضوع" طراحی و تدوین شده و به‌منظور نظام‌مندسازی و سهولت دستیابی، موضوعات در سامانه پایان‌نامه بارگذاری شده است.
بدیهی است که انتخاب مسئله پژوهشی توسط خود محقق، بر اساس علاقه و دغدغه‌های علمی وی، همچنان مورد تأکید، حمایت و اولویت است؛ لکن ازآنجاکه بسیاری از اهداف و اولویت‌های جامعه در حوزه‌های علمی تخصصی ممکن است برای تک‌تک پژوهشگران شناخته شده نباشد، این بانک موضوعات می‌تواند به‌عنوان منبع پیشنهادی و راهنما استفاده شود. استفاده از موضوعات مندرج در بانک موضوعات الزام‌آور نبوده و پژوهشگران می‌توانند بر اساس علاقه و ابتکار خود، موضوعات جدیدی را پیشنهاد و پیگیری نمایند. رسالت اصلی این اقدام ایجاد توازن میان علاقه محقق و نیازهای جامعه و همچنین هدایت پژوهش‌ها در راستای رسالت‌های علمی و اجتماعی حوزه است.
دراین‌خصوص عنایت به نکات زیر مایه امتنان است:
1. طلاب محترم سطح سه می‌توانند به‌تناسب رشته، علاقه و سطح توانمندی خود اقدام به انتخاب یکی از موضوعات بانک نموده و سپس طرح اجمالی را به همراه استاد راهنما جهت طرح در کارگروه به کارتابل استاد راهنما ارسال نمایند؛
نشانی دسترسی به بانک موضوعات:
کوثرنت، بخش ورود به سامانه‌ها، سامانه پایان‌نامه، قسمت روند طرح اجمالی، گزینه "موضوعات پیشنهادی مرکز"
2. از زمان انتخاب موضوع در سامانه، طلبه تا یک ماه فرصت دارد درباره موضوع انتخابی مطالعات و بررسی‌های لازم به همراه مشورت با اساتید را انجام دهد. درصورتی‌که ظرف مدت یک ماه موضوع انتخابی را فراتر از توان و علاقه تشخیص دهد، می‌تواند انصراف از موضوع را در سامانه ثبت نماید تا موضوع برای سایر طلاب قابل‌مشاهده و انتخاب شود؛
3. پس از انتخاب یک موضوع از سامانه، امکان انتخاب آن توسط طلبه دیگر وجود ندارد؛
4. مجموع زمان انتخاب موضوع، تدوین و تصویب طرح اجمالی و ثبت و بارگذاری در سامانه حداکثر پنج ماه است. ازاین‌رو در پایان پنج ماه، درصورتی‌که طرح اجمالی مصوب در سامانه بارگذاری نشده باشد، موضوع جهت مشاهده و انتخاب، در دسترس سایر طلاب محترم قرار خواهد گرفت. عناوین مندرج در بانک موضوعات به منزله موضوع مصوب است؛ اما اعمال تغییرات جزئی در عنوان حسب تشخیص استاد راهنما و کارگروه بلامانع است.
چهار کلان پروژه زیر در رشته تفسیر و علوم قرآنی با ظرفیت حداقل ۴۵ ریز موضوع طراحی شده است که استان‌های متقاضی جهت اجرا و پیشنهاد به طلاب محترم درخواست خود را از طریق نامه همراه با اسامی طلاب ارسال نمایند.
- ترجمه و تحقیق تفسیر کنز الدقایق با ظرفیت ۱۵ پایان‌نامه شامل ترجمه و تحقیق ۱۴ جلد تفسیر و یک پایان‌نامه شامل مباحث روش‌شناسی تفسیر کنز الدقایق و مباحث مقدماتی (ساختار و مراحل اجرایی طرح آماده است.)
- تفسیر واژگانی قرآن، مطالعه موردی سوره یس: {این کلان پروژه برای حداقل ۱۰ سوره با یک استاد قابل‌اجرا است. استاد پیشنهادی مشخص شده است.}
- تحلیل رابطه متقابل فضای نزول و محتوای سوره‌های قرآن: {گزارش شرایط صدر اسلام و فضای نزول سوره‌ها و تأثیرگذاری نزول آیات در اصلاح شرایط جامعه} این کلان پروژه برای حداقل ۱۰ سوره با یک استاد قابل‌اجرا است. ایده اصلی از آیت‌الله جوادی آملی، تسنیم ج ۲ ص ۳۸
-ارزیابی ترجمه‌های قرآن { ازجهت 1) لغوی و معادل‌یابی 2) صرفی 3) نحوی 4) بلاغی} این کلان پروژه برای حداقل ۱۰ ترجمه با یک استاد قابل‌اجرا است.
